Banco de imagens de proteínas pode ajudar na busca por tratamentos para Covid-19
24/08/2020
A plataforma computacional DockThor-VS, utilizada amplamente para a pesquisa de novos medicamentos de forma virtual, agora está disponível de forma gratuita para pesquisadores de todo o mundo. Ela foi desenvolvida em 2013 pelo Grupo de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos (GMMSB), do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), e está acoplada ao supercomputador Santos Dumont, na sede do LNCC, em Petrópolis, Região Serrana fluminense. Diante da pandemia da Covid-19, a plataforma foi incrementada para disponibilizar aos usuários estruturas tridimensionais de proteínas-alvo importantes para o desenvolvimento de novas moléculas e descobrir novos usos no tratamento da doença em fármacos já existentes. Um dos destaques da plataforma é a disponibilização de diferentes "estados conformacionais" de cada proteína alvo, simulando sua flexibilidade em meio biológico; modelagem tridimensional de mutações relevantes destas proteínas que podem afetar a ação de possíveis fármacos e gerar resistência a medicamentos, identificadas a partir da análise de milhares de genomas de SARS-CoV-2 sequenciados no mundo todo; e disponibilização de banco de estruturas tridimensionais dos fármacos já aprovados pelo Food and Drug Administration (FDA). O desenvolvimento do DockThor-VS direcionado para alvos terapêuticos do vírus SARS-CoV-2 foi coordenado por Laurent Dardenne (LNCC) em colaboração com Marisa Nicolás (LNCC), responsável pela coordenação dos estudos genômicos dos alvos terapêuticos. Os usuários não cadastrados podem realizar experimentos com até 200 moléculas por vez, enquanto que estudos mais complexos envolvendo até 5.000 moléculas estão liberados para usuários com projetos submetidos e aprovados. A plataforma está totalmente operacional, tendo sido submetidos nos primeiros quinze dias de agosto cerca de 1200 experimentos de triagem virtual. O trabalho foi realizado com financiamento da FAPERJ, da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) e do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). Mais informações:https://www.dockthor.lncc.br Fonte: Site FAPERJ (Adaptada) - http://www.faperj.br/?id=4050.2.4